基于线粒体基因组的鲤科鱼类的进化分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

本课题的意义鲤是我国种类繁多、分布广泛、深受人们欢迎的重要淡水经济鱼类。

对立与进行基础研究，发展鲤鱼鉴定系统，进行遗传改良和杂交育种是提高鲤产业发展的重要支撑。

1981年，随着人的线粒体基因组全序列测定的完成和分析其基因的组成、结构和功能等特点后，线粒体已逐渐成为动物分子遗传学和进化遗传研究的主要课题之一。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目的1，研究分析不同属的鲤鱼，能否利用线粒体基因组进行鉴定，分析14条完整线粒体基因序列的多序列对比，得到nj树状图和ml树状图，从而对各种属之间的亲缘关系进行数值化的具体描述，检验线粒体基因组在家系鉴定中的作用，进一步分析其对鲤鱼种属鉴定和家系分析的可能性。

2，研究不同鲤鱼线粒体基因组的基因构成以及各属的基因组、编码区、srna的gc含量，同时研究密码子第1、2、3位的gc含量来描绘线粒体核苷酸序列的基本特点，同时对密码子第1、2、3位的a/t/c/g核苷酸频率等进行分析，从而能够分析出线粒体基因组碱基的组成特点以及不同位置的密码子对基因组碱基的影响，进一步为线粒体在鲤家系分析和种属鉴定中的作用提供参考。

研究的内容 1，用danman在ncbi上收集不同鲤鱼的完整线粒体基因序列，收集其长度，相关杂志，序列所属论文名，基因组数据位等。

3. 研究的方法与方案

研究方法及方案1，数据收集用danman在ncbi上收集14个鲤科下属完整的线粒体基因序列，ncbi登录号，序列长度，基因的起始位点以及具体的序列组成。

2，碱基组成分析将收集的序列用编写的程序进行处理后，按照所需整理到excel，然后计算出基因组、编码区、srna、第1位密码子、第2位密码子、第3为密码子和第1、2位密码子的gc含量 ；接着分别计算第1位、第2位和第3位密码子的a、t、c、g的频率。

3，树状图和数据分析用mega进行nj树状图和ml树状图分析14条线粒体基因序列，进行不同鲤科鱼类的家系鉴定以及亲缘远近。

4. 研究创新点

1， 在dna条码技术对鲤鱼进行种质鉴定的基础上，扩展到研究完整的线粒体基因组，从而全面的来评价线粒体基因序列对鲤鱼进行种质鉴定效果。

2， 在碱基组成特点的分析上，大量文献着重分析了at的频率以及特点，本研究更偏向gc含量的分析，当然也对a、t、c、g碱基频率进行了分析。

3， 研究了不同密码子的位置上的gc含量以及a、t、c、g频率的分析，从而探讨了不同碱基所处在密码子的位置不同对基因以及整个基因组的影响。

5. 研究计划与进展

1，2013年6月收集相关文献进行研读，下载相关软件研究；2，2013年7月到8月到NCBI上收集需要的14条线粒体基因组相关信息和具体序列以及各基因的起始位点；3，2013年9月到11月采用MEGA和Circos等软件对序列进行对比分析，得出结论；4，2013年9月到2014年5月，论文撰写。