红灯笼猪血统数、体尺及繁殖性能测定与分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.课题意义

血统数分析能够反应一个猪种现存总猪数；体尺性状能够反映某一生长阶段的发育情况；产仔数的高低直接影响养猪生产经济效益。红灯笼猪是丘陵低山地区形成的种质，以当地青粗饲料为主。红灯笼猪的体型外貌具有典型的山猪特征：头稍短，颈较粗，背腰平直且较长，腹较紧较小，四肢较高而有力，皮较厚，毛较密，黑色较深等。目前，学术界对红灯笼猪的研究多集中于红灯笼猪的部分生产性能、杂交实验、后代保育、疾病防治等方面的研究，如具有高繁殖率、与其他外来品种进行二元或三元杂交等。在红灯笼猪已濒临灭绝的当下，系统地探索红灯笼猪的资源数量、生长特性及繁殖性能，显得必要且急迫。本实验拟通过红灯笼猪保种场记录的遗传系谱图分析红灯笼猪血统数；到红灯笼保种场对8头红灯笼仔猪二月龄、四月龄和六月龄的体尺进行测定；观察4头经产母猪发情周期；采集33头有产仔记录红灯笼母猪耳样，利用pcr反应与dna测序分型技术，并用sas软件进行关联性分析。以期探明红灯笼猪资源数量、生长特性和繁殖性能，为我国地方猪保种及猪种改良杂交提供参考。

2.国内外研究概况

2. 研究的基本内容和问题

1. 研究目标a) 红灯笼猪血统分析b) 红灯笼猪二月龄、四月龄和六月龄体尺测定c) 红灯笼猪繁殖性能测定与分析2. 研究内容a) 红灯笼猪血统分析根据红灯笼保种场准确记录的遗传系谱图，利用Excel软件，制作柱状图分析红灯笼猪的血统数。b) 红灯笼猪二月龄、四月龄和六月龄体尺测定① 实验动物来源红灯笼保种场8头仔猪，从二月龄开始，使用皮尺、直尺、测量杖、套猪绳等测量工具，对每个红灯笼猪进行体重体尺测定，每间隔两个月测定一次，直至六月龄。②测定方法根据性能测定标准《种猪测定原理及方法》进行。体高：自鬐甲最高点到地面的垂直距离，用测杖测量。体长：自枕寰关节（两耳根连线的中点）沿背线至尾根的长度。胸围：沿肩甲后缘绕胸一周的周径。腹围：腹部最大的地方胸一周的周径。腿臀围：肛门到一侧膝关节前缘的距离乘以2。管围：左前肢管部最细处周径。胸宽：肩胛骨后缘处胸部左右两侧直线距离，用测杖测量。胸深：体高—胸骨到地面的垂直距离。③数据收集测定的指标均用纸质表格记录，并用Excel整理成电子版。c) 红灯笼猪繁殖性能测定与分析红灯笼猪发情周期观察每天分别对红灯笼猪查情两次，上午6-7点，下午3-4点，一旦母猪发情，即开始记录母猪的详尽信息，跟踪记录，直至发情结束。红灯笼猪13号染色体上SNP位点rs332069453多态性① 试验动物来源采集具有准确窝产总仔数记录的约33头红灯笼母猪的耳组织样品，放置于装有70%酒精的离心管内，-20 ℃冰箱保存备用。利用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，经过质量、浓度检测后将浓度稀释到30 ng/μL于-20 ℃下保存备用。②目的片段PCR扩增与测序用已提取的DNA为模板，根据NCBI上提供的序列利用Primer-Blast设计引物，所设计的引物，用于提取的DNA为模板，根据所设计的引物，进行PCR扩增：取DNA模板2.5 μL、上下游引物各1.25 μL、PCR Mix试剂25 μL、双蒸水20 μL。③结果与分析PCR产物在1.2%琼脂糖凝胶中电泳检测，将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用DNAman软件与GenBank中猪的相关基因片段序列比对分析，判读突变的基因型，然后利用SAS软件进行基因型对表型的影响效应分析。分析模型为Yjkl=u Gj Bk Pl ejkl其中：Yjkl 为猪的产仔数；Gj 代表第j个SNP的基因型固定效应；Bk 是第k个年季固定效应；Pl是胎次的固定效应，不同胎次的产仔数记录作为重复数据处理；ejkl为残差。3. 拟解决问题a) 针对产仔数的低遗传力，提供与红灯笼母猪窝总产仔数相关的SNP标记。b) 运用SNP标记筛选窝总产仔数高的母猪。

3. 研究的方法与方案

1. 研究方法采用实验室检测与动物试验相结合的方法开展相关试验研究。

2. 技术路线

见附件

3. 实验方案a) 红灯笼猪血统分析根据红灯笼保种场准确记录的遗传系谱图，利用excel软件，制作柱状图分析红灯笼猪的血统数。b) 红灯笼猪二月龄、四月龄和六月龄体尺测定① 实验动物来源红灯笼保种场8头仔猪，从二月龄开始，使用皮尺、直尺、测量杖、套猪绳等测量工具，对每个红灯笼猪进行体重体尺测定，每间隔两个月测定一次，直至六月龄。② 测定方法根据性能测定标准《种猪测定原理及方法》进行：体高：自鬐甲最高点到地面的垂直距离，用测杖测量。体长：自枕寰关节（两耳根连线的中点）沿背线至尾根的长度。胸围：沿肩甲后缘绕胸一周的周径。腹围：腹部最大的地方胸一周的周径。

腿臀围：肛门到一侧膝关节前缘的距离乘以2。管围：左前肢管部最细处周径。胸宽：肩胛骨后缘处胸部左右两侧直线距离，用测杖测量。胸深：体高—胸骨到地面的垂直距离。③数据收集测定的指标均用纸质表格记录，并用excel整理成电子版，并用excel整理成电子版。d) 红灯笼猪繁殖性能测定与分析红灯笼猪发情周期观察每天分别对红灯笼猪查情两次，上午6-7点，下午3-4点，一旦母猪发情，即开始记录母猪的详尽信息，跟踪记录，直至发情结束。红灯笼猪13号染色体上snp位点rs332069453多态性① 试验动物来源采集具有准确窝产总仔数记录的约33头红灯笼母猪的耳组织样品，放置于装有70%酒精的离心管内，-20 ℃冰箱保存备用。利用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组dna，经过质量、浓度检测后将浓度稀释到30 ng/μl于-20 ℃下保存备用。②目的片段pcr扩增与测序用已提取的dna为模板，根据ncbi上提供的序列利用primer-blast设计引物，所设计的引物，用已提取的dna为模板，根据所设计的引物，进行pcr扩增：取dna模板2.5 μl、上下游引物各1.25 μl、pcr mix试剂25 μl、双蒸水20 μl。③结果与分析pcr产物在1.2%琼脂糖凝胶中电泳检测，将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用dnaman软件与genbank中猪的相关基因片段序列比对分析，判读突变的基因型，然后利用sas软件进行基因型对表型的影响效应分析。分析模型为yjkl=u gj bk pl ejkl其中：yjkl 为猪的产仔数；gj 代表第j个snp的基因型固定效应；bk 是第k个年季固定效应；pl是胎次的固定效应，不同胎次的产仔数记录作为重复数据处理；ejkl为残差。显著性的p值经过10000次的随机抽样校正。 4.可行性分析a) 养猪研究所经验丰富，实验危险系数很低。b) 指导教师课题组已有红灯笼保种场准确的产仔记录，且猪场采样方便。c) 动科院教学实验中心拥有完善的试验用设备，为本试验的开展提供了保障。d) 指导老师魏巨龙老师对猪繁殖育种有一定研究基础，为本试验的研究指导工作提供了有效的保证。e) 本研究设计合理，方法先进，技术路线正确，加之本实验室具有良好的研究条件，研究小组所有成员具有强烈的责任心和浓厚的科学研究兴趣，因此，本研究是切实可行的。

4. 研究创新点

红灯笼猪是我省特色地方猪种资源，以红灯笼猪为研究对象，总结了红灯笼猪的资源数量、特性及利用等方面研究进展，以期为后续开展红灯笼猪各方面特性研究，对红灯笼猪的保种及利用提供参考。

5. 研究计划与进展

2018年7月--8月：红灯笼猪生长性能测定、红灯笼母猪发情周期观察；2018年9月--11月：利用传统酚/氯仿法提取耳组织基因组DNA，经过质量、浓度检测后将浓度稀释到30 ng/μL于-20℃下保存备用；2019年1月：用已提取的DNA为模板，根据所设计的引物，进行PCR扩增；2019年3月： PCR产物在1.2%琼脂糖凝胶中电泳检测，将剩余的扩增产物进行测序，比对、分析测序结果，判读突变的基因型，然后进行基因型对表型的影响效应分析；2019年4月： 整理数据，差缺补漏。

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