华东地区猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

猪流行性腹泻(ped)由猪流行性腹泻病毒(pedv)引起，临床上以猪的呕吐、腹泻和脱水为主要特征的急性接触性肠道传染病[1]。该病在寒冷季节及饲养管理条件差、饲养密度过大的猪群极易暴发。各种日龄猪均易感，10日龄内仔猪病死率可高达100%，奶猪、育肥猪及成年猪症状较轻，都取良性经过。仔猪发病初期表现为口渴、呕吐、排灰色或黄色水样稀粪，继而水样腹泻(喷射状)、脱水，粪便呈黄色、绿色或白色，严重腹泻仔猪粪便中常含有未消化的凝乳块，腥臭。10日龄内仔猪感染后2天至７天死亡，而2周龄至3周龄以上仔猪将存活，但体质虚弱，也可能形成僵猪。肥猪、母猪和公猪通常临床症状轻微或没有症状，但有时泌乳母猪发病较重，表现为体温升高、厌食、呕吐、腹泻、泌乳停止。病变的主要部位在胃和小肠，表现为卡他性胃肠炎[2]。

　　pedv主要在小肠绒毛上皮细胞中复制，基因组是单股正链rna，与其它冠状病毒类似，其核酸rna具有侵染性。基因组的5端非翻译区包含一个帽子结构(cap)，3'非翻译区包含1个poly(a)尾，除此之外，基因组还包含6个orfs，从5端到3'端依次为5'-orf1-s-orf3-sm-m-n-3'，基因大小分别为orf1基因(20346nt),s基因(4152nt),orf3基因(675nt),sm基因(231nt),m基因(681nt)和n基因(1326nt)。其中orf1基因和orf3基因编码pedv的非结构蛋白，s基因、sm基因、m基因和n基因分别编码病毒的结构蛋白一纤突蛋白、小包蛋白、膜蛋白和核衣壳蛋白，其中基因组与核衣壳蛋白结合，基因组不分节段[3]。

　猪流行性腹泻自1971年首次在英国暴发以来，相继在比利时、德国、匈牙利、瑞士等许多欧洲国家发生过暴发流行，20世纪80年代，日本、韩国、中国等一些亚洲国家也暴发了该病[4]。随着我国养猪业的规模化、集约化发展，猪病毒性腹泻病的流行与暴发日益增多，在genbank中收录的pedv序列，涵盖了中国包括华北、华南、华东、西北和东北区域的多个省份，可见ped在中国呈现大范围的流行状态[5]。自2010年以来，我国该病的发病率明显升高，在免疫猪场也有发病报道，死亡率达80%以上，严重危害我国养猪业健康发展，给我国养猪业造成了巨大的经济损失[2]。

2. 研究的基本内容和问题

研究目标：

以华东地区的猪流行性腹泻病毒为研究对象，检测其在临床上的感染和流行情况，并对其变异较大的基因（s1、n和orf3）进行序列比对和进化分析，旨在明确近年来华东地区的猪流行性腹泻病毒的分子流行病学特征。

研究内容：

1、猪流行性腹泻病毒的检测：

3. 研究的方法与方案

研究方法：

本研究利用rna提取、rt-pcr、序列测定、生物信息学分析等技术对华东地区的pedv进行遗传变异规律分析和分子流行病学特征研究。

技术路线：

临床样品的采集及处理

4. 研究创新点

本实验的特色是集中对华东地区的PEDV进行研究，分析该地区的PEDV分子流行病学特征，这样的研究不仅补充了我国PEDV的流行病学特征的统计数据，也可对华东地区猪流行性腹泻的防治提供有力的科学依据，在高致病性PEDV流行的当前有着重要的研究意义。

5. 研究计划与进展

2015.03：主要是熟悉实验室环境，练习相关实验操作，阅读相关文献。

2015.04：进行样品的阳性检测，关键基因的扩增和克隆及序列测定。

2015.05：进行序列分析，以及论文的撰写。