5株猪圆环病毒2型毒株全基因朱的克隆与序列分析开题报告

1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）

1.本课题的意义及应用前景本实验是建立在对江苏省及周边地区pcv2流行病学调查的基础之上，克隆获得5株pcv2全基因组；采用生物信息学软件对5株pcv2进行进化分析，为进一步探索我国江苏地区猪圆环病毒2型（pcv2）的分子进化及为该病毒的防控提供依据。

2.国内外研究概况pcv2相关疾病流行广泛，危害严重，已经引起世界各国的重视。

pcv2是单链dna病毒中变异最快的，其基因组全长多为1767bp或1768bp，也有1766bp的毒株。

2. 研究的基本内容和问题

研究的目标、内容和拟解决的关键问题1.研究目标本研究通过对pcv2毒株的基因分析及同源性研究，明确目前pcv2流行毒株基因组的特征。

2.研究内容⑴pcv2毒株全基因组克隆及序列分析；⑵根据标准参照毒株绘制系统进化树，研究样品pcv-2毒株与标准毒株同源性差异。

3.拟解决的关键问题⑴由于pcv2全长基因组是分成两段来扩增的，测序结果需进行拼接处理。

3. 研究的方法与方案

1.研究方法和实验方案 a.dna提取物阳性检测 b.目的片段的回收对pcv2阳性样品进行pcr扩增进行凝胶电泳实验之后，需要对凝胶中目的条带内的dna片段进行回收，本实验室使用的是axyprep dna凝胶回收试剂盒，具体操作如下：a.在紫外灯的照射下，隔着钴玻璃，找到琼脂糖凝胶中的目的条带，切下并用滤纸吸尽凝胶表面的tbe液体，切碎。

称量凝胶质量，以该质量作为一个凝胶体积（如10mg=10μl体积）。

b.按体积比1:3加入buff de-a溶液，振荡混匀后放入75℃恒温水浴锅加热，期间间断性混合（每2min），至凝胶碎块完全融入液体中，溶液呈透明（约10min）。

4. 研究创新点

猪圆环病毒病是指由猪圆环病毒2型为主要病原的一大类疾病的总称，主要包括断奶仔猪多系统衰竭综合征、猪皮炎肾病综合征、母猪繁殖障碍等。

本研究对分离获得的PCV2毒株全长基因组分成两段来扩增送检测序进，通过生物信息学软件拼接与分析，揭示我国江苏地区PCV2基因组特征与当前流行的PCV2基因亚型。

5. 研究计划与进展

⑴研究计划2015-03-02至2015-03-08，实验室学习阶段2015-03-09至2015-03-31，DNA提取及扩增2015-04-01至2015-04-30，DNA序列分析⑵预期进展至2015年4月初完成全部PCV2扩增任务，4月中旬完成全部DNA测序任务，至5月份完成序列分析。